La maggior parte della contaminazione del pesce avviene nella fase di raccolta e post raccolta. Il pesce può contaminarsi con microrganismi indirettamente attraverso: 1) scarse pratiche igieniche del personale, 2) contaminazione delle vasche da feci animali o umane, 3) acqua contaminata usata per il lavaggio o 4) strumenti di raccolta contaminati. La contaminazione può essere attraverso sostanze chimiche.