Siccome i clostridi produttori di tossine botuliniche sono microrganismi ambientali, non è possibile prevenire la contaminazione degli alimenti. È però possibile operare la distruzione delle spore oppure impedire loro di svilupparsi e conseguentemente di produrre le tossine botuliniche. La distruzione termica delle spore è un processo che non si può attuare agevolmente in ambito domestico in quanto richiede un trattamento con vapore sotto pressione alla temperatura di 121°C.

È invece relativamente semplice bloccare lo sviluppo e la conseguente tossinogenesi delle spore acidificando il prodotto (fino ad un valore di pH < 4.6, meglio pH <4.0) oppure eliminando (con l’aggiunta di sale o zucchero) l’acqua che i microrganismi utilizzano per lo svolgimento delle loro funzioni metaboliche (riduzione dell’acqua libera).