Gli obiettivi del PRI sono i seguenti:

• contrasto delle zoonosi, attraverso la rete di epidemio-sorveglianza, la gestione di specifici piani di monitoraggio e di controllo
• monitoraggio e contrasto delle contaminazioni chimiche volontarie e di origine ambientale in relazione alle produzioni agro-zootecniche​
• raggiungimento e mantenimento delle qualifiche sanitarie del patrimonio zootecnico contemplate nei piani di sorveglianza, approvati dall’Unione Europea e negli specifici Piani nazionali e regionali,
• raggiungimento e mantenimento dei livelli di controllo ufficiale previsti dagli specifici LEA, e integrati dai documenti di categorizzazione del rischio, nazionali e regionali​
• supporto al sistema agro alimentare della Regione Emilia-Romagna ai fini del raggiungimento dello standard sanitario dei Paesi Terzi verso cui gli Operatori del settore alimentare intendono esportare;
• ridefinizione delle modalità di funzionamento del sistema regionale di allerta rapido in sicurezza alimentare (RASFF)
• ridefinizione delle modalità di coordinamento tra Autorità Competente Regionale e Autorità Competenti Locali​
• ridefinizione della implementazione del sistema informativo regionale e dei collegati flussi regionali e verso il SSN
• miglioramento continuo della qualità dei controlli ufficiali in sicurezza alimentare e sanità pubblica veterinaria, fondato sull’applicazione dei contenuti delle DGR n. 1488/2012 , DGR n. 1510/2013 , Intesa tra il Governo, le Regioni e le Province autonome di Trento e Bolzano, sul documento concernente “Linee guida per il controllo ufficiale ai sensi dei Regolamenti (CE) 882/2004 e 854/2004, Rep. Atti n.212/CSR del 10 novembre 2016” nonchè sui collegati atti di indirizzo regionale