L'uso dei pesticidi e dei fertilizzanti usati in agricoltura influisce negativamente sull'ambiente, sul suolo e sui prodotti alimentari coltivati. Per questo motivi sempre più ricercatori stanno pensando ad alternative ecologiche per proteggere le piante dalle malattie e dagli insetti e che siano in grado di sostituire, o quantomeno ridurre, l'uso di prodotti chimici. Un'alternativa è quella di sfruttare i batteri naturalmente presenti nel suolo. Si stima che in un solo grammo di terreno possa esserci fino a un miliardo di batteri, che svolgono attività fondamentali per il nutrimento e la salute delle piante. Alcune popolazioni batteriche producono ormoni vegetali che aumentano la crescita delle radici delle piante e le aiutano ad assorbire il nutrimento necessario dal suolo; altre trasformano, attraverso diversi meccanismi chimico-fisici, alcuni elementi fondamentali come azoto, ferro e fosforo, che altrimenti non potrebbero venire assorbiti dalla pianta; altre ancora tengono lontani insetti, funghi e altri parassiti o patogeni, agendo dunque come dei pesticidi naturali.

Le prime prove sono già in corso. Un gruppo di ricerca spagnolo sta sperimentando l'impiego di batteri "buoni" nella coltivazione delle fragole in serra, una coltura che richiede un alto consumo idrico e di fertilizzanti. I risultati preliminari sono soddisfacenti; infatti, anche se le piante innaffiate con fertilizzanti batterici non crescono tanto quanto quelle trattate con fertilizzanti chimici, producono lo stesso numero di frutti e di dimensioni uguali. Il prossimo passo sarà quello di sperimentare questo nuovo approccio anche in coltivazioni all'aperto.