Alcne pratiche di acquacoltura e ondizioni inerenti metodi di produzione specifici possono influenzare la sicurezza del prodotto alimentare. Sitemi intensivi danno al produttore una migliore opportunità di gestire ischi biologici controlando la qualità dell'acqua e dei mangimi, attraverso misure di biosicurezza la gestione della salute e le vaccinazioni.

Nel 2005 il Consiglio Europeo ha adottato questa raccomandazione. Essa sottolinea che  tute le specie ittiche  allevate, iclude nuove specie che ad oggi non sono ancora allevate, devono essere tenute senza conseguenze dannose per il loro benessere, inclusa la salute e tenendo in considerazione le caratteristiche biologiche, l'evidenza scientifica e l'esperienza practica disponibile nonché il sistema di allevamento utilizato. 

Le conclusioni del parere sono che il concetto di benessere sia lo stesso che per gli altri animali (mammiferi, uccelli e pesci) usati come prodotti di origine animale. Tuttavia il benessere delle pesci ittiche non è stato studiato allo stesso modo come per mammiferi e uccelli Alcune misure di benessere sviluppate per altre specie possono essere rilevanti  per la specie ittica, mentre manca un protocollo di valutazione  del benessere delle specie ittiche.