Alcne pratiche di acquacoltura e ondizioni inerenti metodi di produzione specifici possono influenzare la sicurezza del prodotto alimentare. Sitemi intensivi danno al produttore una migliore opportunità di gestire ischi biologici controlando la qualità dell'acqua e dei mangimi, attraverso misure di biosicurezza la gestione della salute e le vaccinazioni.

Nel 2005 il Consiglio Europeo ha adottato questa raccomandazione. Essa sottolinea che  tute le specie ittiche  allevate, iclude nuove specie che ad oggi non sono ancora allevate, devono essere tenute senza conseguenze dannose per il loro benessere, inclusa la salute e tenendo in considerazione le caratteristiche biologiche, l'evidenza scientifica e l'esperienza practica disponibile nonché il sistema di allevamento utilizato. 

La maggior parte della contaminazione del pesce avviene nella fase di raccolta e post raccolta. Il pesce può contaminarsi con microrganismi indirettamente attraverso: 1) scarse pratiche igieniche del personale, 2) contaminazione delle vasche da feci animali o umane, 3) acqua contaminata usata per il lavaggio o 4) strumenti di raccolta contaminati. La contaminazione può essere attraverso sostanze chimiche.

Il piano mira a garantire mediante controlli ufficiali la sanità degli organismi acquatici allevati e le qualifiche sanitarie per alcune malattie di interesse comunitario nelle aziende di acquacoltura, anche in previsione dell'eventuale riconoscimento di indennità territoriali finalizzate ad incrementare le opportunità di libero scambio dei prodotti dell'acquacoltura