Per definizione il microbiota intestinale è l'ecosistema complessivo, formato da funghi, virus e batteri che si sono adattati a vivere sulla superficie mucosa dell'intestino o nel suo lume.

Diversi fattori possono incidere sul microbiota: il tipo di parto (naturale o taglio cesareo), il tipo di allattamento (al seno oppure artificiale), la modalità di svezzamento, l'assunzione di antibiotici nei primi anni di vita e il modello di alimentazione adottato. La normale interazione fra microbi intestinali e il loro ospite umano è un rapporto simbiotico, benefico per entrambi: l'ospite mette a disposizione un habitat ricco di nutrienti e il microbiota conferisce elementi utili alla sua salute.