Nel corpo umano si trovano 500-10000000 specie diverse di microrganismi, nella maggior parte sono batteri anaerobi, cioè che non hanno bisogno di ossigeno. Ogni persona possiede i suoi microbioti specifici, ma è stato comunque individuato un gruppo di specie che di solito sono condivise da tutti e che costituiscono il nucleo filogenetico, in particolare a livello intestinale. L’apparato digerente, in particolare l’intestino umano, è abitato da molti microrganismi che insieme costituiscono la cosiddetta flora batterica. Le specie presenti in questo tratto sono ben 400, fra anaerobiche (cioé bifidobatteri) che sono localizzati principalmente nel colon, e aerobiche (ovvero lattobacilli), concentrati nell'intestino tenue. Oltre alla flora così costituita, nell'intestino vi sono miceti, clostridi e dei virus che in condizioni normali non possono esercitare effetti patogeni. L’80% dei batteri totali sono bifidobatteri e lactobacillus e servono a causare la fermentazione, mentre il rimanente 20% come per esempio Escherichia, Bacteroides, Clostridium, Eubacteria sono responsabili della putrefazione dei resti.La flora batterica ha due fondamentali funzioni importanti: 1) Funzione di nutrimento e 2)Funzione protettiva; inoltre la flora batterica intestinale serve a favorire i processi di digestione e l’assorbimento delle sostanze nutritive,prevenire disturbi di costipazione, colite, diarrea; produrre certe vitamine, come la B12 e la K; produrre certi amminoacidi come l’arginina, la cisteina, la glutamina; intervenire a livello metabolico negli acidi della bile e nella bilirubina.Un individuo normale vige una perfetta simbiosi fra la flora batterica e l’organismo, cioè le due parti convivono pacificamente e traggono beneficio l’una dall'altra. L’ospite, cioè l’uomo, fornisce ai batteri materiale indigerito di cui i batteri si nutrono e in compenso questi forniscono diverse funzioni utili per l’organismo. Quando la flora batterica è in perfetto equilibrio con il corpo umano si parla di eubiosi.