Alcne pratiche di acquacoltura e ondizioni inerenti metodi di produzione specifici possono influenzare la sicurezza del prodotto alimentare. Sitemi intensivi danno al produttore una migliore opportunità di gestire ischi biologici controlando la qualità dell'acqua e dei mangimi, attraverso misure di biosicurezza la gestione della salute e le vaccinazioni. Tuttavia, alcune condizioni associate alla gestione e all'affollamento, si verificano comunemente in sistemi intensivi e se non vengono opportunamente gestiti, possono agire da agenti stresanti aumentando i rischio di diffucione di patogeni e di malattia. Sistemi estensivi sono pertanto meno strassanti diminuedo l'affollamento.